Η προέλευση του ονόματος Ίος προέρχεται πιθανότατα από τους Ίωνες, καθώς το νησί ήταν κατοικημένο κατά την πρώιμη κυκλαδική περίοδο. Ο σημαντικότερος προϊστορικός οικισμός που βρέθηκε στο νησί βρίσκεται πάνω σε ένα λόφο στην είσοδο του λιμανιού.
Πολλές ιστορικές αναφορές βεβαιώνουν ότι στο νησί της Ίου θάφτηκε ο μεγάλος επικός ποιητής Όμηρος. Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, η τελευταία κατοικία του Όμηρου είναι στα ερείπια του οικισμού του Πλακωτού, που βρίσκεται στο βόρειο τμήμα του νησιού και ονομάζεται «ο τάφος του Ομήρου».
Η ιστορία της Ίου είναι παρόμοια με τα υπόλοιπα Κυκλαδονήσια. Στην αρχαιότητα η Ίος ήταν ενταγμένη στην Αθηναϊκή Συμμαχία , ενώ στις αρχές του 13ου αιώνα τέθηκε υπό την κυριαρχία των Ενετών. Τον 15ο αιώνα η ενετική οικογένεια Crispus ενίσχυσε το παλαιότερο κάστρο (Κάστρο) της Χώρας, του οποίου τα ερείπια είναι ορατά μέχρι σήμερα. Το 1537, το νησί λεηλατήθηκε από πειρατικές επιδρομές και αργότερα η Ίος έπεσε στα χέρια των Οθωμανών.
